الريــم
12-12-2022, 10:11 AM
Vigilar la evoluci?n del coronavirus SARS-CoV-2 es como supervisar el universo. De igual forma que astr?nomos amateur escudri?an el firmamento con sus telescopios y a veces descubren asteroides potencialmente peligrosos, algunos aficionados a la ciencia est?n ayudando a monitorizar los cambios en el virus del covid-19. Y conviene que haya muchos ojos sobre ellos: hay m?s 13 millones de genomas de este coronavirus, la mayor colecci?n de cualquier organismo en la historia de la ciencia. Hace 6 meses eran 'solo' 10 millones. Y los sublinajes circulantes son m?s de medio millar, seg?n la OMS. Faro de Vigo, del grupo Prensa Ibérica, ha contactado con uno de estos “cazadores de variantes”, el italiano Federico Gueli, descubridor del linaje que actualmente domina en Espa?a al 50,8% –BQ.1 y sus derivados, incluyendo BQ.1.1– y pronto ser? dominante a escala global.
“Encontré BQ.1 cuando ten?a 6 secuencias”, cuenta Gueli por v?a telef?nica. “La descubr? cuando estaba en vacaciones en un sitio tur?stico llamado Chiesa in Valmalenco, en Lombard?a”. Este amable italiano reconoce que su formaci?n académica en esta materia “es cero”. De hecho, es adiestrador canino. “El 19% de los hallazgos astron?micos vienen de ciudadanos. Lo mismo hacemos los buscadores de variantes”, ejemplifica. “No tenemos datos actualmente de un cambio dram?tico en la severidad del virus”, tranquiliza Gueli, que explica que “el fenotipo del virus es todav?a atenuado”.
“El 19 por ciento de los hallazgos astron?micos vienen de ciudadanos. Lo mismo hacemos los buscadores de variantes”
El italiano relata que todo empez? de la mano de una sola persona, ?ine O’Toole, joven investigadora irlandesa que trabaja en Edimburgo (Escocia). Ella y Andrew Rambaut, uno de los bioinform?ticos punteros del mundo, y el también brit?nico Oliver G Pybus, bi?logo, escribieron un trabajo en la revista 'Nature' y crearon la nomenclatura actual de las variantes, llamada 'Pango' en referencia al pangol?n, posible transmisor del SARS-CoV-2 a los humanos. Al principio era O’Toole quien asignaba los nombres manualmente mirando a los ?rboles, un trabajo inmenso. Y entonces lleg? la “era de las variantes de preocupaci?n”.
El descubridor del linaje BQ.1, Federico Gueli, con su primer “post” sobre el mismo en la p?gina web de Pango. La foto est? tomada en Chiesa Valmalenco, en los Alpes italianos, donde descubri? este sublinaje, que pronto ser? dominante en el mundo.
Era diciembre de 2020 cuando la vigilancia gen?mica de rutina de Reino Unido detect? lo que fue designado como linaje B.1.1.7, un grupo filogenéticamente nuevo y diferenciado. Era la variante alfa, la primera “variante de preocupaci?n”, que caus? la ola invernal de principios de 2021. Los primeros casos de alfa, sin embargo, datan de septiembre de 2020. Algo parecido pudo ocurrir con ?micron, detectada en noviembre de 2021. Un reciente estudio en 'Science' –muy debatido estos d?as– concluy? que esta variante llevaba evolucionando durante meses en ?frica sin ser detectada debido a la falta de vigilancia gen?mica, posiblemente ayudada por contagios en personas inmunodeprimidas por VIH.
Con la era de las variantes de preocupaci?n, explica Gueli, “el equipo Pango tuvo una idea genial: abrieron el sistema de nomenclatura Pango, le dieron a la gente, a la comunidad cient?fica y a la opini?n p?blica, la posibilidad de proponer linajes al comité Pango, que es la autoridad que decide si una variante merece un nombre o no”. Pango fija la nomenclatura de letras y n?meros: BA.1, BA.2, BA.5, XBB (donde la “X” indica recombinaci?n), etc. Luego, es la OMS la que establece los nombres de variantes con letras griegas, como alfa, beta, delta y ?micron.
“Abrieron la p?gina Github (repositorio de datos) de Pango a todo el mundo, cient?ficos y ciudadanos: cualquiera puede proponer una variante que haya descubierto en los ?rboles o en un secuenciador de laboratorio. Todos los laboratorios del mundo pueden confrontar con la secuencia de referencia del virus de Wuhan. Es un método muy simple porque tenemos la herramienta”, explica Gueli, restando importancia a su labor ardua y desinteresada.
El italiano destaca el nombre del bi?logo computacional Cornelius Roemer, que tuvo la idea de c?mo excavar en miles y miles de secuencias que se descargan todos los d?as en la web virol?gica Gisaid. “Esto no pod?a hacerse solo por una persona –a?ade Gueli–. Nos ense?? c?mo hacerlo a varios de nosotros, como yo, interesados en variantes”. Gente como Gianluca Codagnone, Shay Fleishon, Zack Hensel, Ryan Eisner, Hitoshi Sakaguchi... “Empezamos a trabajar juntos, a compartir nuestros hallazgos. Gente de Pa?ses Bajos, Italia, EEUU, Alemania, Jap?n... Todo el mundo haciendo su trabajo y compartiendo sus hallazgos y debatiéndolos. Ganamos técnica para reconocer mejor las secuencias y entender su evoluci?n”, destaca Gueli.
Los nombres de los participantes del grupo central original de “buscadores de variantes” fue: Cornelius Roemer, Tom Peacock, Shay Fleishon quien lider? el radar de variantes israel? ILVR del Ministerio de Salud de Israel), Zach Hensel, Sakaguchi Hitoshi, Josette Shoenmaker, Gianluca Codagnone y Sam Schimdt, a los que se uni? pronto Ryan House y un poco m?s tarde Nick Frohberg, Dave MacNally y Raj Rajnarayanan.
Thomas P. Peacock, vir?logo del Imperial College de Londres, supervisa el equipo
Cuando el equipo empez? con la variante delta “era como seguir huellas en el bosque –apunta Gueli–. No sab?amos d?nde estaba el virus ni a d?nde se dirig?a”. En septiembre de 2021 contactaron con Thomas P. Peacock, vir?logo del Imperial College de Londres. “Encontramos ?micron cuando hab?a 4 secuencias, Tom Peacock la encontr?. Las siguientes variantes las hallamos cuando hab?a 4, 5 o 10 secuencias. Recuerdo haber visto la BA.5 [dominante en Espa?a y buena parte del mundo hasta hace pocos d?as] cuando era solo 16 secuencias. Luego encontré BQ.1 cuando ten?a 6 secuencias”, asegura Gueli.
“Hacemos esto sin ninguna remuneraci?n ni premio, y muy lejos de las organizaciones”
“Est?bamos solos –a?ade–. El interés por el SARS-CoV-2 estaba disminuyendo y hab?a mala actitud de la gente ante el virus y ante los cient?ficos. Hicimos esto sin ninguna gratificaci?n ni premio, y muy lejos de las organizaciones”, resume el italiano, que subraya la importancia de la ciencia colaborativa: “Estas herramientas las construimos ciudadanos y cient?ficos. Pedimos mejoras a Github, lo fuimos mejorando hasta el punto de que ahora tenemos el control de la situaci?n”, asegura.
Gueli es uno de los coautores de un trabajo sobre la evoluci?n del SARS-CoV-2 post-?micron publicado en Virological.org (https://virological.org/). El documento, dirigido por Thomas P. Peacock y Cornelius Roemer, advierte que otro “evento ?micron” es posible.
72 mutaciones en 2 meses
Coautor también es otro “ciudadano cient?fico”, un profesor de instituto de Indiana (EEUU) llamado Ryan Hisner, cuyos hilos en Twitter sobre la evoluci?n del virus han sido destacados por cient?ficos de la talla de Eric Topol, fundador y director del instituto Scripps de California. Hisner, que descubri? la subvariante XBB.1.4.1, ha alertado sobre la aparici?n de secuencias que han acumulado 72 mutaciones en 2 meses, algo que atribuye a la posible acci?n incompleta del antiviral molnupiravir. Gueli elogia el “gran trabajo” de Hisner pero recuerda que una acumulaci?n excesiva de mutaciones puede hacer el virus inviable. “Solo soy un cazador de variantes –apunta–. Es un problema de probabilidades, una ruleta rusa: no sabemos c?mo se va a comportar el virus mutado, si va a ser capaz de transmitirse”.
All new #SARSCoV2 (https://twitter.com/hashtag/SARSCoV2?src=hash&ref_src=twsrc%5Etfw) variants should be considered innocent until proven guilty.
A BA.2 derivative getting known as BA.2.10+,has a F486P mutation and several others, with a very good?by @LongDesertTrain (https://twitter.com/LongDesertTrain?ref_src=twsrc%5Etfw), is worth keeping an eye onhttps://t.co/IYQDKygVMP https://t.co/9JVw58u7Tx
— Eric Topol (@EricTopol) 9 de agosto de 2022 (https://twitter.com/EricTopol/status/1556830884581367808?ref_src=twsrc%5Etfw)Respecto a la situaci?n actual del virus, Federico Gueli se?ala que BQ.1 “ha alcanzado el 40% de las secuencias globales y ser? dominante en todo el mundo en una o dos semanas”. Una tendencia al alza que detecta en las ?ltimas semanas es la frecuencia de la mutaci?n F486P en la esp?cula del virus, una mutaci?n de doble nucle?tido presente en linajes recombinantes como XBF y XBB.1.5, y en los “deltacron” XBC y XAY.
Los esfuerzos de secuenciaci?n han disminuido mucho a lo largo de este a?o. Federico Gueli insiste en que “si el mundo quiere controlar el SARS-CoV-2 y ver que mantiene su gravedad, tiene que vigilar”.
La evoluci?n del SARS-CoV-2 puede deparar a?n muchas sorpresas, aunque una cosa es lo que sugiera la bioinform?tica y otra diferente las consecuencias cl?nicas. Como dice Mar?a de Toro, qu?mica y bioinform?tica espa?ola, experta en secuenciaci?n del virus, “podemos seguir monitorizando esto hasta el infinito y m?s all?, pero lo que nos tiene que importar es c?mo va a afectarnos con la inmunizaci?n que tenemos”. Como dice el divulgador cient?fico Eric Topol, “todas las nuevas variantes deben considerarse inocentes hasta probarse lo contrario”.
La “magia” de Twitter
Es la primera gran pandemia con internet, y herramientas en la red como Nextstrain, Gisaid, COVID Spectrum y Taxonium permiten seguir en tiempo real la evoluci?n del cada vez m?s frondoso ?rbol filogenético del SARS-CoV-2. Twitter permite seguir la comunicaci?n de los hallazgos y su debate entre cient?ficos punteros, como en este caso la epidemi?loga molecular brit?nica-estadounidense Emma Hodcroft, basada en Berna. En el tuit de la imagen muestra lo distante que es ?micron en mutaciones respecto a las variantes anteriores.
أكثر... (https://www.sport.es/es/noticias/sociedad/cazador-variantes-secuencia-domina-espana-79847916)
“Encontré BQ.1 cuando ten?a 6 secuencias”, cuenta Gueli por v?a telef?nica. “La descubr? cuando estaba en vacaciones en un sitio tur?stico llamado Chiesa in Valmalenco, en Lombard?a”. Este amable italiano reconoce que su formaci?n académica en esta materia “es cero”. De hecho, es adiestrador canino. “El 19% de los hallazgos astron?micos vienen de ciudadanos. Lo mismo hacemos los buscadores de variantes”, ejemplifica. “No tenemos datos actualmente de un cambio dram?tico en la severidad del virus”, tranquiliza Gueli, que explica que “el fenotipo del virus es todav?a atenuado”.
“El 19 por ciento de los hallazgos astron?micos vienen de ciudadanos. Lo mismo hacemos los buscadores de variantes”
El italiano relata que todo empez? de la mano de una sola persona, ?ine O’Toole, joven investigadora irlandesa que trabaja en Edimburgo (Escocia). Ella y Andrew Rambaut, uno de los bioinform?ticos punteros del mundo, y el también brit?nico Oliver G Pybus, bi?logo, escribieron un trabajo en la revista 'Nature' y crearon la nomenclatura actual de las variantes, llamada 'Pango' en referencia al pangol?n, posible transmisor del SARS-CoV-2 a los humanos. Al principio era O’Toole quien asignaba los nombres manualmente mirando a los ?rboles, un trabajo inmenso. Y entonces lleg? la “era de las variantes de preocupaci?n”.
El descubridor del linaje BQ.1, Federico Gueli, con su primer “post” sobre el mismo en la p?gina web de Pango. La foto est? tomada en Chiesa Valmalenco, en los Alpes italianos, donde descubri? este sublinaje, que pronto ser? dominante en el mundo.
Era diciembre de 2020 cuando la vigilancia gen?mica de rutina de Reino Unido detect? lo que fue designado como linaje B.1.1.7, un grupo filogenéticamente nuevo y diferenciado. Era la variante alfa, la primera “variante de preocupaci?n”, que caus? la ola invernal de principios de 2021. Los primeros casos de alfa, sin embargo, datan de septiembre de 2020. Algo parecido pudo ocurrir con ?micron, detectada en noviembre de 2021. Un reciente estudio en 'Science' –muy debatido estos d?as– concluy? que esta variante llevaba evolucionando durante meses en ?frica sin ser detectada debido a la falta de vigilancia gen?mica, posiblemente ayudada por contagios en personas inmunodeprimidas por VIH.
Con la era de las variantes de preocupaci?n, explica Gueli, “el equipo Pango tuvo una idea genial: abrieron el sistema de nomenclatura Pango, le dieron a la gente, a la comunidad cient?fica y a la opini?n p?blica, la posibilidad de proponer linajes al comité Pango, que es la autoridad que decide si una variante merece un nombre o no”. Pango fija la nomenclatura de letras y n?meros: BA.1, BA.2, BA.5, XBB (donde la “X” indica recombinaci?n), etc. Luego, es la OMS la que establece los nombres de variantes con letras griegas, como alfa, beta, delta y ?micron.
“Abrieron la p?gina Github (repositorio de datos) de Pango a todo el mundo, cient?ficos y ciudadanos: cualquiera puede proponer una variante que haya descubierto en los ?rboles o en un secuenciador de laboratorio. Todos los laboratorios del mundo pueden confrontar con la secuencia de referencia del virus de Wuhan. Es un método muy simple porque tenemos la herramienta”, explica Gueli, restando importancia a su labor ardua y desinteresada.
El italiano destaca el nombre del bi?logo computacional Cornelius Roemer, que tuvo la idea de c?mo excavar en miles y miles de secuencias que se descargan todos los d?as en la web virol?gica Gisaid. “Esto no pod?a hacerse solo por una persona –a?ade Gueli–. Nos ense?? c?mo hacerlo a varios de nosotros, como yo, interesados en variantes”. Gente como Gianluca Codagnone, Shay Fleishon, Zack Hensel, Ryan Eisner, Hitoshi Sakaguchi... “Empezamos a trabajar juntos, a compartir nuestros hallazgos. Gente de Pa?ses Bajos, Italia, EEUU, Alemania, Jap?n... Todo el mundo haciendo su trabajo y compartiendo sus hallazgos y debatiéndolos. Ganamos técnica para reconocer mejor las secuencias y entender su evoluci?n”, destaca Gueli.
Los nombres de los participantes del grupo central original de “buscadores de variantes” fue: Cornelius Roemer, Tom Peacock, Shay Fleishon quien lider? el radar de variantes israel? ILVR del Ministerio de Salud de Israel), Zach Hensel, Sakaguchi Hitoshi, Josette Shoenmaker, Gianluca Codagnone y Sam Schimdt, a los que se uni? pronto Ryan House y un poco m?s tarde Nick Frohberg, Dave MacNally y Raj Rajnarayanan.
Thomas P. Peacock, vir?logo del Imperial College de Londres, supervisa el equipo
Cuando el equipo empez? con la variante delta “era como seguir huellas en el bosque –apunta Gueli–. No sab?amos d?nde estaba el virus ni a d?nde se dirig?a”. En septiembre de 2021 contactaron con Thomas P. Peacock, vir?logo del Imperial College de Londres. “Encontramos ?micron cuando hab?a 4 secuencias, Tom Peacock la encontr?. Las siguientes variantes las hallamos cuando hab?a 4, 5 o 10 secuencias. Recuerdo haber visto la BA.5 [dominante en Espa?a y buena parte del mundo hasta hace pocos d?as] cuando era solo 16 secuencias. Luego encontré BQ.1 cuando ten?a 6 secuencias”, asegura Gueli.
“Hacemos esto sin ninguna remuneraci?n ni premio, y muy lejos de las organizaciones”
“Est?bamos solos –a?ade–. El interés por el SARS-CoV-2 estaba disminuyendo y hab?a mala actitud de la gente ante el virus y ante los cient?ficos. Hicimos esto sin ninguna gratificaci?n ni premio, y muy lejos de las organizaciones”, resume el italiano, que subraya la importancia de la ciencia colaborativa: “Estas herramientas las construimos ciudadanos y cient?ficos. Pedimos mejoras a Github, lo fuimos mejorando hasta el punto de que ahora tenemos el control de la situaci?n”, asegura.
Gueli es uno de los coautores de un trabajo sobre la evoluci?n del SARS-CoV-2 post-?micron publicado en Virological.org (https://virological.org/). El documento, dirigido por Thomas P. Peacock y Cornelius Roemer, advierte que otro “evento ?micron” es posible.
72 mutaciones en 2 meses
Coautor también es otro “ciudadano cient?fico”, un profesor de instituto de Indiana (EEUU) llamado Ryan Hisner, cuyos hilos en Twitter sobre la evoluci?n del virus han sido destacados por cient?ficos de la talla de Eric Topol, fundador y director del instituto Scripps de California. Hisner, que descubri? la subvariante XBB.1.4.1, ha alertado sobre la aparici?n de secuencias que han acumulado 72 mutaciones en 2 meses, algo que atribuye a la posible acci?n incompleta del antiviral molnupiravir. Gueli elogia el “gran trabajo” de Hisner pero recuerda que una acumulaci?n excesiva de mutaciones puede hacer el virus inviable. “Solo soy un cazador de variantes –apunta–. Es un problema de probabilidades, una ruleta rusa: no sabemos c?mo se va a comportar el virus mutado, si va a ser capaz de transmitirse”.
All new #SARSCoV2 (https://twitter.com/hashtag/SARSCoV2?src=hash&ref_src=twsrc%5Etfw) variants should be considered innocent until proven guilty.
A BA.2 derivative getting known as BA.2.10+,has a F486P mutation and several others, with a very good?by @LongDesertTrain (https://twitter.com/LongDesertTrain?ref_src=twsrc%5Etfw), is worth keeping an eye onhttps://t.co/IYQDKygVMP https://t.co/9JVw58u7Tx
— Eric Topol (@EricTopol) 9 de agosto de 2022 (https://twitter.com/EricTopol/status/1556830884581367808?ref_src=twsrc%5Etfw)Respecto a la situaci?n actual del virus, Federico Gueli se?ala que BQ.1 “ha alcanzado el 40% de las secuencias globales y ser? dominante en todo el mundo en una o dos semanas”. Una tendencia al alza que detecta en las ?ltimas semanas es la frecuencia de la mutaci?n F486P en la esp?cula del virus, una mutaci?n de doble nucle?tido presente en linajes recombinantes como XBF y XBB.1.5, y en los “deltacron” XBC y XAY.
Los esfuerzos de secuenciaci?n han disminuido mucho a lo largo de este a?o. Federico Gueli insiste en que “si el mundo quiere controlar el SARS-CoV-2 y ver que mantiene su gravedad, tiene que vigilar”.
La evoluci?n del SARS-CoV-2 puede deparar a?n muchas sorpresas, aunque una cosa es lo que sugiera la bioinform?tica y otra diferente las consecuencias cl?nicas. Como dice Mar?a de Toro, qu?mica y bioinform?tica espa?ola, experta en secuenciaci?n del virus, “podemos seguir monitorizando esto hasta el infinito y m?s all?, pero lo que nos tiene que importar es c?mo va a afectarnos con la inmunizaci?n que tenemos”. Como dice el divulgador cient?fico Eric Topol, “todas las nuevas variantes deben considerarse inocentes hasta probarse lo contrario”.
La “magia” de Twitter
Es la primera gran pandemia con internet, y herramientas en la red como Nextstrain, Gisaid, COVID Spectrum y Taxonium permiten seguir en tiempo real la evoluci?n del cada vez m?s frondoso ?rbol filogenético del SARS-CoV-2. Twitter permite seguir la comunicaci?n de los hallazgos y su debate entre cient?ficos punteros, como en este caso la epidemi?loga molecular brit?nica-estadounidense Emma Hodcroft, basada en Berna. En el tuit de la imagen muestra lo distante que es ?micron en mutaciones respecto a las variantes anteriores.
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